El CPM fue creado por el Decreto 0717 el 9 de mayo de 2002, firmado por el Gobernador de la provincia de Santa Fe Carlos Alberto Reuteman y el Ministro de Gobierno, Justicia y Culto Esteban Borgonovo. Como condición para su creación se solicitó la conformación de una comisión integrada por representantes de diferentes organismos de derechos humanos de la ciudad.

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Con el decreto se cedió en comodato por 10 años la administración del ex CCD a esta comisión con el fin, de preservar la estructura original, leyendas e inscripciones que contribuyen al conocimiento de los hechos y funcionan como denuncia, prueba y evidencia de lo ocurrido y, también de realizar actividades de difusión y esclarecimiento acerca de la represión instaurada por la última dictadura militar para mantener la memoria colectiva.  

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Con el vencimiento del comodato, al Estado provincial le fue posible hacerse cargo y continuar con la gestión del ex CCD, gracias al trabajo llevado adelante desde su recuperación, a las discusiones que presentaron acuerdos, desacuerdos y que permitieron avanzar en la construcción de la memoria, siempre con la certeza de que estos lugares son para el futuro de la memoria colectiva y que sirven para prevenirnos, para que no pase de nuevo.